那個神祕的力量，是正義？還是毀滅？

二十一世紀初，「謎之侵略者」在十七天內毀滅近乎半顆地球。此時，一顆被稱作「石」的¬神祕結晶體，成為人類最後的希望。這顆「石」具備能挑選「適任者」的力量，平均每八百¬萬人才會選出一名「適任者」，而這群被挑選出來的「適任者」，將被強制聚在一起，並接¬受特殊科學忍術訓練。為了消滅侵略者、為了打造究極兵器──這群被「石」所操控的科¬學忍者部隊，名字就叫作「科學小飛俠」！